Sezóna 2012 San Francisco 49 byla sezónou 63 týmu v Národní fotbalové lize a celkově se umístila na 67. Byla to druhá sezóna poté, co hlavní trenér a generální ředitel Jim Harbaugh a Trent Baalke.
Po vítězství 13-3 oproti předchozímu mistrovství dosáhli 49 ers svého prvního mistrovství od 1994 a nejvyššího úspěchu na šestém místě v žebříčku franšízy, čímž překonali nedostatek 17-0 28. ledna -24. Porazte sokoly Atlanty. V titulní hře 20 th, 20 13. Sezóna však skončila svou první porážkou v Super Bowl a prohrála s Baltimore Ravens 31-34.
